A finales del siglo XIX e inicios del XX con el descubrimiento del látex del caucho y la shiringa, se dio inicio al boom del caucho, produciéndose un dinamismo económico donde la Amazonía peruana se integró al país entero y Moyobamba siguió siendo su capital. Así la selva alta quedó desarticulada por su incipiente base productiva, iniciándose un gran desplazamiento de la población hacia las zonas caucheras de la selva baja; desde ahí Iquitos se convierte en la primera articulación mercantil extractiva del llamado Departamento Litoral de Loreto, con los mercados nacionales e internacionales.
Estos hechos económicos, sociales y políticos dio lugar a la idea de la creación de un nuevo departamento en la selva alta del Perú, la misma que fue propuesta en 1901 en la cámara de senadores por Joaquín Capelo y Juan Loli, representantes por Loreto y Ancash, teniendo en consideración la inmensa extensión de Loreto y la similitud de características geográficas de las entonces provincias de Moyobamba, San Martín y Huallaga. Consultadas las prefecturas de Loreto y Lima, opinaron que el proyecto era inconveniente y que las mencionadas provincias deberían incorporarse al departamento limítrofe de Amazonas.
Al debatirse la ley, contando con otros informes que sí fueron favorables, se propusieron como posibles capitales del nuevo departamento las ciudades de Moyobamba, Tarapoto y Lamas, inclinándose la mayoría de representantes por Moyobamba quienes tuvieron en cuenta entre otros argumentos, su historia como primera ciudad fundada por los españoles en la Amazonía. Así en 1906 por Ley Nº 201 del 04 de setiembre se crea el nuevo departamento de San Martín, nombrado en honor al libertador del Perú, General José de San Martín, con su capital la ciudad de Moyobamba.
